El cocodrilo del Nilo frecuenta gran variedad de hábitats de agua dulce, pero también es posible encontrarlo en las regiones costeras. De ven en cuando, algún ejemplar de la desembocadura de los ríos es arrastrado por la corriente hacia mar abierto. Algunos de éstos ejemplares han conseguido nadar hasta la isla de Zanzíbar.

Los cocodrilos cocodrilos capturan a sus presas en el agua. Gracias a su camuflaje que les asemeja a troncos flotantes, se acercan suavemente a sus presas sin originar la más mínima turbulencia en el agua, lo cual es muy meritorio si se tiene en cuenta su enorme volumen. Una vez que se sitúa lo suficientemente cerca de su presa, el cocodrilo se lanza a por ella de forma explosiva y espectacular. En el lance cierra los ojos para evitar que resulten dañados y, si tiene éxito, aferra a su víctima con sus poderosísimas mandíbulas y la arrastra al agua donde la ahogará. Sus dientes están diseñados para éste estilo de caza y no para masticar por lo que despedaza a sus presas girando violentamente sobre sí mismo. En los festines se acostumbran a agolpar gran número de ejemplares. En tierra, el cocodrilo del Nilo puede desplazarse a 17 km/h a lo largo de varios km por medio de una especie de galope característico.
La dieta varía con la edad, los jóvenes comen pequeños animales como insectos y anfibios. Subadultos y adultos pueden ingerir una gran cantidad de peces pero los individuos más voluminosos basan su dieta en grandes mamíferos como antílopes, cebras, facóqueros, búfalos, ñus y ganado doméstico. También captura a otros depredadores como hienas, leopardos. e incluso ejemplares de su misma especie En alguna ocasión, éstos cocodrilos, han capturado algún león, aunque por lo general ambos predadores tienden a evitarse. Hay una cita, también, de un grupo de cocodrilos capturando a una hembra de rinoceronte negro. Además, éstos cocodrilos pertenecen al reducido grupo de depredadores que todavía continúa viendo al ser humano como una presa potencial y, de hecho, ocasiona un número elevado de víctimas humanas. Gracias a su metabolismo, de sangre fría, puede pasar meses sin ingerir ningún tipo de alimento esperando la llegada de sus presas.
Los cocodrilos del Nilo no tienen depredadores en su vida adulta pero tienden a evitar a los irascibles hipopótamos con los que comparten, frecuentemente, las aguas.
En el siguiente vídeo puede verse la recreación de una posible lucha entre un cocodrilo del Nilo y un león.
En el siguiente vídeo se ven escenas de caza reales:
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